Caracterización Taxonómica: Establecer y actualizar la clasificación taxonómica de las especies de fitoplancton y zooplancton presentes en nuestras zonas de estudio.

Análisis Ecológico Integral: Determinar y evaluar la estructura, distribución, abundancia y diversidad de las comunidades planctónicas en diversos ecosistemas —marinos, estuarinos y dulceacuícolas— del Ecuador, analizando su estrecha vinculación con las variables hidrográficas locales.

Monitoreo y Vigilancia Ambiental: Ejecutar programas de monitoreo de indicadores planctónicos esenciales para evaluar la calidad del agua, con especial énfasis en la detección temprana de floraciones algales nocivas (como las mareas rojas) y su respuesta ante eventos oceanográficos.

Producción Científica: Generar artículos de alto impacto sobre la taxonomía y la ecología del fitoplancton y zooplancton, aportando conocimiento científico esencial para la gestión de los ecosistemas marinos, estuarinos y dulceacuícolas del país.